近些年来，微生物肥料在农业上的应用，在全国范围内得到了迅猛的发展，各种各样的微生物肥料品种、宣传等见诸报端、进入农家，使得农民们感到爱莫能择、甚至困惑：微生物肥料真的像宣传的功效那样大吗？微生物肥料真的能代替化肥吗？
在回答这些问题，首先要弄清楚“肥料”、“化肥”、“微生物”的概念！
一、肥料及其养分
我们都知道：人要健康，得有合理营养；作物要获得丰收，也必须需要营养。作物正常生长需要的各种营养元素，称之为养分。根据植物营养学说理论，要使作物正常生长、发育，并获得高产，必须提供给作物充足的营养养分。这里所说的充足的营养养分，主要有两个方面的含义：一个是从定性方面，即作物生长发育所需要的养分种类一个也不能少、缺一不可，如果空缺了某一个或某一些养分，作物就不能正常地生长发育，更不可能获得高产。另一个方面是定量方面，即作物正常生长发育、获得高产，提供的营养养分的数量必须适当，如果养分数量不足，作物不能正常生长；如果养分供应过量，不仅带来浪费，而且也可能造成减产。
作物要正常的生长发育必需碳(C)、氢(H)、氧(O)、氮(N)、磷(P)、钾(K)、钙(Ca)、镁(Mg)、硫(S)、硅（Si）、铁(Fe)、铜(Cu)、猛(Mn)、钼(Mo)、锌(Zn)、硼(B)、氯(Cl)十七种营养元素。这些营养元素之间是必须的、不可替代的，但是作物对它们需要量不一样，有的需要量很大如氮(N)，有的需要量很少如硼(B)。除碳(C)、氢(H)、氧(O)外，矿质养分中作物对氮(N)、磷(P)、钾(K)需要量最大，通常把氮(N)、磷(P)、钾(K)称为大量元素；需要量其次的是钙(Ca)、镁(Mg)、硫(S)、硅（Si），通常把钙(Ca)、镁(Mg)、硫(S)、硅（Si）称为中量元素；而作物对铁(Fe)、铜(Cu)、猛(Mn)、钼(Mo)、锌(Zn)、硼(B)的需要量比较微少，称为微量元素。作物要正常生长，营养养分之间的量必须协调、平衡。
所以，能够提供一种或多种营养元素，供给作物正常生长发育的物质，就是肥料。肥料按其组成划分，可分为有机肥料、化学肥料等。
二、化学肥料及其养分
化学肥料，简称化肥，是肥料的一大类，由于其主要成分主要是通过化学的方法合成（反应）而得，因此称为化学肥料。例如尿素、碳铵、磷酸钙、氯化钾等。化肥具有品种较多、养分含量高、肥效迅速等特点。
不同的化肥品种，含有不同的养分种类和养分含量。化肥能提供作物需要的绝大多数养分。我们平常所说的施肥，主要是指施用化肥，当然也包括施用有机肥料、微量元素肥料等等。
主要的化肥品种有：①氮肥，主要提供氮(N)养分。如尿素、碳铵、氯化铵、硝酸铵等，其含氮(N)量分别为46%、17%、22%、34%。②磷肥，主要提供磷(P)养分，例如过磷酸钙等，其P2O5含量12%左右。③钾肥，主要提供钾(K)养分，如氯化钾、硫酸钾等、其K2O含量分别为60%、50%左右。④复合肥料，能提供氮(N)、磷(P)、钾(K)中的两种或三种，其养分含量因品种不同而异。
三、微生物肥料及其养分
严格来讲，微生物不是肥料,是各类细菌的总称，是一种菌剂。这类微生物菌剂能够提供一种或多种、对作物生长有益的微生物群落。由于农业上应用的微生物菌剂常常和草炭、泥炭、有机肥料等有机质含量较高的基质混合在一起，所以习惯上把微生物菌剂称为微生物肥料。
微生物肥料不同于化学肥料、有机肥料。能够提供一种微生物群落的叫单一微生物肥料或专一微生物菌剂（肥料）；能够提供两种以上多种微生物群落的叫复合微生物菌剂（肥料）。根据微生物的作用划分，可以将微生物菌计划分为固氮细菌（菌剂）、解磷细菌（菌剂）、解钾细菌（菌剂）、腐解细菌（菌剂）等。这些微生物菌剂都可以选择性地为农业生产服务。
微生物肥料的作用主要是提供对作物生长有益的微生物群落，而不是营养元素。这些有益的微生物施到土壤中后，根据微生物种类的不同而起不同的作用。例如：以固氮细菌为主的微生物肥料主要作用是：通过细菌的活动，固定空气中的氮元素供作物生长时吸收利用?即固氮作用；以解磷细菌为主的微生物肥料主要作用是：通过细菌的活动，分解土壤中部分不能被作物吸收的磷元素，使磷从土壤中分解出来，供作物生长时吸收利用?即解磷作用；以解钾细菌为主的微生物肥料主要作用是：通过细菌的活动，分解土壤中部分不能被作物吸收的钾元素，使钾从土壤中分解出来，供作物生长时吸收利用?即解钾作用；腐解细菌主要是分解有机物、有机质等。同时，微生物在土壤中的生活、活动，产生一些分泌物，这些分泌物对作物的生长有刺激作用。概括来讲，微生物肥料的作用就是细菌的固定、分解、分泌作用，影响到土壤中的营养养分的变化。土壤中营养养分变化了，生长在土壤中的作物的生长情况当然也要变化。所以，微生物的作用是作用于土壤中、反应在作物上。如果土壤养分本身不足，微生物肥料（菌剂）是无能为力的。微生物肥料不可能代替化肥！
四、为什么要使用微生物肥料
土壤中有很多种元素，有些是作物生长时必需的。但是这些必需的营养元素有时不能被作物吸收，我们把这些营养养分称为缓效态养分或固定态养分。只有通过微生物的分解等作用，这些养分才能变成有效态养分，被作物吸收利用。
土壤中有很多种类微生物，有的是有益的、有的是无益的、有的甚至是有害的。土壤中的有益微生物会因为土壤中水分、养分、空气、酸碱度等因素的影响，或死亡、或休眠、或活动能力低。这样微生物发挥的分解能力等就很弱，这时，就应该有针对性地使用微生物菌剂（肥料）。就象我们发馒头需要用“老面”、做泡菜需要用“老盐水”一样。来提高土壤中有益微生物的活性和作用。
五、微生物肥料的特点是什么？
微生物肥料是一种细菌肥料，是活的生物体，是通过细菌的活动发挥作用，主要特点有：
1、微生物肥料主要是提供有益的微生物群落，而不是提供矿质营养养分；
2、人们无法用肉眼观察微生物，所以微生物肥料的质量人眼不能判定，只能通过分析测定；
3、合格的微生物肥料对环境污染少；
4、微生物肥料用量少，每亩通常使用500-1000克微生物菌剂；
5、微生物肥料作用的大小，容易受到微生物生存环境的影响，例如：光照、温度、水分、酸碱度、有机质等。
6、细菌有期限、微生物肥料有它的有效期限，通常为半年至一年。
六、怎样选购微生物肥料？
由于微生物肥料无法用肉眼判定其质量的优劣，主要是通过外包装察看，主要有：
1、外包装完好，无破袋、漏袋；
2、是否有中华人民共和国农业部的“登记证”号；
3、产品名称、商标、生产企业、地址、有效期限等是否齐全；
4、仔细阅读产品说明，弄清是哪一类微生物肥料，主要用于哪些作物，选择地购买。
微生物肥料不是万能的，肥效是有限的，包治百病的“灵丹妙肥”是没有的！
七、微生物肥料施用时注意什么？
微生物肥料是活的生物体，由它自身的特点，施用方法比化肥、有机肥料要求严格。
1、及时施用，一次用完。微生物肥料购买回家后，要尽快施到地里，并且开袋后要一次用完；
2、微生物肥料可以单独施入土壤中，但最好是和有机肥料（如渣土）混合使用，不要和化学肥料混合使用；
3、微生物肥料要施入作物根正下方，不要离根太远，同时盖土，不要让阳光直射到菌肥上；
4、微生物肥料主要用作基肥使用，不宜叶面喷施；
5、微生物肥料的使用，不能代替化肥的使用；
6、未用完的微生物肥料，要妥善办管，防止微生物肥料中的细菌传播。